Na verdade, esse problema todo talvez não seja em relação a faces invertidas, o kerkythea renderiza (pelo menos aqui) qualquer item com face invertida, não sei se isso pode acontecer com um ou outro, mais aqui nunca ouve.
As vezes quando o modelo está muito complexo e o computador deixa um pouco a desejar, podem ocorrer vários problemas na hora da exportação, como por exemplo, faltar alguns materiais, o melhor a fazer nesse caso, se for isso mesmo, é ter o modelo organizado, e separar em dois grandes grupos, exporte um, depois o outro…Abra o primeiro e depois importe o segundo, já vi acontecer quando eu usava notebook, e tive que exportar primeiro o telhado e depois o restante da cena.